杭州注册分公司与子公司的主要区别在于法人资格和责任承担。分公司不具有法人资格，其民事责任由总公司承担，而子公司则具有独立的法人资格，能够独立承担民事责任。设立分公司时，需向公司登记机关申请登记并领取营业执照。