报文结构采用XML定义，使用自定义格式。结构化描述通过XML Schema实现，并根据每种报文定义的Schema进行有效性验证。数据报文符合W3C标准的XML格式，以UTF-8编码，每票报文最大不超过4M。海关原产地证申报系统定义了多个XML文件，包括海关原产地证导入接口和原产地证附件导入接口，涵盖表头、表体、更改证、重发证信息、非缔约方公司信息、原产地证发票信息及申请企业承诺信息等。